薬師寺は寛永9年（1632）に創建し、賢明法師によって開山された真言宗のお寺です。
当時先祖伝来の不動明王を背負って諸国を旅して回っていた常陸国水戸在の根本村の佐右衛門という方が、
同じく旅をしていた賢明法師という方と共にここにお寺を建て、
不動明王を本尊とする不動院を開いて仏道に精進したのがお寺としての始まりです。
現在の名前である薬師寺と改称したのは、
当時この地に合ったと言われている薬師如来像を安置するために仏堂を建て、
そこを薬師堂という名の付属堂としたことから来ています。

さて、この薬師寺についてですが、かつて水戸光圀公が江戸に訪れた際にこの地に立ち寄り、
ここで眼の痛みを直したという逸話が残っているほどで、
この薬師堂の薬師如来には眼病に対して効果があるというが知られています。
また、堂の正面上部の「医王堂」にある扁額は、名倉重直が書いたものです。
ちなみにこの名倉重直は、日本における接骨院を初めて開業した名倉弥次兵衛直賢のご先祖様に当たる方で、
現在でも日本各地の接骨院に名倉という名前が使われることが多い理由となっております。